Für die Optimierung ihres Angebots greift die Stiftung regelmäßig auf die Expertise externer Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler zurück. Darüber hinaus wurde 2011 ein umfassendes Begleitforschungsprogramm gestartet.
Im Rahmen einer langfristig angelegten wissenschaftlichen Begleitforschung soll die Arbeit der gemeinnützigen Stiftung "Haus der kleinen Forscher" durch externe Studien kontinuierlich untersucht werden. Dabei stehen die fachliche Fundierung und die Wirkung der Stiftungsangebote hinsichtlich der Haltung und Kompetenzentwicklung der pädagogischen Fachkräfte und der Kinder im Mittelpunkt. Zu diesem Zweck hat die Stiftung 2011 zusammen mit acatech – Deutsche Akademie der Technikwissenschaften den Forschungslenkungskreis, ein Gremium aus unabhängigen wissenschaftlichen Fachleuten, eingerichtet.
Regelmäßig werden sowohl interne (wie die jährlich durchgeführte Frühjahrsbefragung) als auch externe Evaluationen und Begleitstudien zur Stiftungsarbeit durchgeführt. Sie werden ergänzt durch die Vergabe wissenschaftlicher Expertisen an ausgewiesene Fachleute, die in der Schriftenreihe „Wissenschaftliche Untersuchungen zur Arbeit der Stiftung ‚Haus der kleinen Forscher'" im Bildungsverlag Eins veröffentlicht werden. Auf Grundlage der Schriftenreihe soll ein intensiver Dialog zwischen Wissenschaft, Stiftung und Praxis entstehen, mit dem Ziel, die frühkindliche Bildung in Deutschland zu unterstützen.
Evaluation: Hohe Qualität und Akzeptanz der Stiftungsangebote
Im Frühjahr 2011 hat die Stiftung zusammen mit dem Transferzentrum für Neurowissenschaften und Lernen (ZNL) die zentralen Akteure der Bildungsinitiative "Haus der kleinen Forscher" befragt. Den inhaltlichen Schwerpunkt bildeten neben allgemeinen Strukturfragen insbesondere Fragen zum subjektiven Kompetenzempfinden und zum Qualitätsmanagement des pädagogischen Prozesses. Die Rückmeldungen bestätigten erneut die hohe Qualität und Akzeptanz der Stiftungsangebote. Von Februar bis März 2012 fanden neue Befragungen statt - die Ergebnisse folgen.

